Changes between Version 1 and Version 2 of JeffreyHornernotes


Ignore:
Timestamp:
05/29/14 14:23:13 (3 years ago)
Author:
jrhorner
Comment:

--

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
  • JeffreyHornernotes

    v1 v2  
    11== Notes on the network package == 
    22 * OptimizingNetworkAdjacencyMatrix 
     3 
     4== Rmd2Trac == 
     5This is a report tool I created to convert knitted Rmd files to trac wiki syntax: 
     6 
     7{{{ 
     8library(knitr) 
     9 
     10Rmd2Trac <- function(reportFile='Report_template.Rmd'){ 
     11 
     12  knitEnv <- new.env() 
     13 
     14  oldwd <- setwd(dirname(reportFile)) 
     15  on.exit(setwd(oldwd),add=TRUE) 
     16 
     17  reportFile <- basename(reportFile) 
     18 
     19  fileFrag <- sub('\\.rmd$','',reportFile,ignore.case=TRUE) 
     20  mdFile <- paste(fileFrag,'md',sep='.') 
     21  tracFile <- paste(fileFrag,'trac',sep='.') 
     22  knit(reportFile,envir=knitEnv) 
     23  lns <- readLines(mdFile) 
     24 
     25  # transform code chunks 
     26  inChunk <- FALSE 
     27  for (i in 1:length(lns)){ 
     28    if (grepl('^```r?$',lns[i])){ 
     29      if (inChunk){ 
     30        lns[i] <- '}}}' 
     31        inChunk <- FALSE 
     32      } else { 
     33        lns[i] <- '{{{' 
     34        inChunk <- TRUE 
     35      } 
     36    } 
     37  } 
     38 
     39 
     40  # Transform image tags 
     41  for (i in grep('^!\\[plot of',lns)){ 
     42    imgFile <- sub('^!\\[plot of chunk .*\\]\\(figure/(.*)\\).*$','\\1',lns[i]) 
     43    lns[i] <- paste( '[[Image(',imgFile, ')]]', sep='') 
     44    cat("Don't forget to upload",imgFile,"to the wiki.\n") 
     45  } 
     46 
     47  writeLines(lns,con=tracFile) 
     48   
     49  invisible(knitEnv) 
     50} 
     51}}}